Výuka hudební výchovy na Pedagogické fakultě sahá až k jejím počátkům v roce 1946. Prvním pedagogem, pověřeným vedením semináře hudební výchovy, byl PhDr. Bohumír Štědroň (1905–1982). Systém kateder a obsah výuky byl tříben postupně. Přílišná roztříštěnost jednotlivých seminářů vedla ke sblížení příbuzných oborů. Tak vznikl obor hudební výchovy se zaměřením hudebně-vědeckým a hudebně-pedagogickým. Na Pedagogické fakultě se pod vedením Bohumíra Štědroně vyučovaly praktické předměty, včetně nástrojové a pěvecké výuky. Ostatní předměty se vyučovaly na Filozofické fakultě, společně se studenty Hudební vědy (vedoucí PhDr. Jan Racek). Studium tehdy bylo čtyřleté a dělilo se na obor Hudební věda, Hudební věda a výchova, později pak i na obor Hudební výchova.
Zásluhou pověřených pedagogů, zejména B. Štědroně, se postupně nejednotné učební plány, přednášky a semináře systematizovaly. K rozvíjení kvality a k hlubšímu teoretickému i praktickému základu hudebního vzdělávání tehdy přispívaly významné osobnosti té doby (Josef Veselka, Gracian Černušák, Jan Kunc, Václav Kaprál, Jan Trojan, později Ladislav Daniel a další). Mezi tehdejšími absolventy oboru Hudební výchova se vedle některých již jmenovaných objevovala i jména Vladimír Jůva, Antonín Tučapský nebo Zdeněk Zouhar.
Po roce 1951 nastupuje na místo vedoucího pracoviště PhDr. František Lýsek. Mezi léty 1953–1959 byla fakulta přetvořena na provizorní dvouletou Vyšší pedagogickou školu, což bylo velice nepříznivé období. František Lýsek však v čele hudebního semináře stále zdokonaloval a doplňoval základnu učebních a metodických materiálů a se svými kolegy neustával ani v práci výzkumné (výzkumy hudebnosti mládeže) a publikační. Prof. PhDr. František Lýsek, DrSc. se vedle spoluvytváření podoby hudebního vzdělávání na Pedagogické fakultě zapsal do historie i jako úspěšný sbormistr (Brněnský dětský sbor, 1945).
Od roku 1959 je vyšším pedagogickým školám navrácen status pedagogických fakult, který s sebou přinesl prodloužení studia (1. stupeň – 3 roky, 2. stupeň – 4 roky), ale na druhou stranu i kritiku systému studia s trojčlennými studijními kombinacemi, obligátní hrou na housle pro všechny bez rozdílu, roztříštěnost rozvrhu apod. Vědecko-výchovný směr pracoviště a celé fakulty se ustálil, mimo jiné i zásluhou nově příchozích pedagogických pracovníků, až v roce 1964, kdy byla fakulta začleněna do rámce nově nazvané Univerzity J. E. Purkyně (od r. 1989 opět jako Masarykova univerzita).
Po odchodu Františka Lýska v roce 1970 došlo k dočasnému sjednocení katedry hudební a výtvarné výchovy (katedra estetické výchovy) pod vedením doc. PhDr. Evžena Valového, CSc. K této integraci došlo ve snaze o vytváření větších mezioborových přesahů, uměleckých i vědeckých. Zároveň vznikají v rámci katedry dvě oddělení, hudební výchova (doc. Jan Kostečka) a výtvarné výchovy (doc. Ladislav Perůtka). Evžen Valový se kromě pedagogické, popularizátorské a organizátorské činnosti věnoval vědeckému bádání ve směru hudební psychologie, sémantiky a estetiky. Kromě toho se, stejně jako František Lýsek, věnoval sborové problematice (monografie Sborový zpěv v Čechách a na Moravě). Jeho jméno je též významně spojeno s historií konferencí Musica viva in schola, v jejichž rámci vždy prosazoval především ty aspekty hudební pedagogiky, které mají přímý vliv na přípravu a výchovu učitelů hudební výchovy.
Základní koncepce konferencí MVIS byla později zaměřována na konfrontaci mezinárodních přístupů s domácími přístupy, a to z iniciativy nového vedoucího katedry prof. PhDr. Miloslava Bučka, CSc. Jeho jméno figurovalo v různých uměleckých a vědeckých radách na úrovni fakulty i univerzity a také v rámci MŠMT a České hudební společnosti. Za dobu svého působení se velice houževnatě podílel na uměleckém dění v rámci univerzity i mimo ni. Podílel se na oslavách 75. výročí MU (1994, instalace koncertních varhan v aule PrF), byl aktivním hráčem na varhany a třicet let vedl Pěvecký sbor MU.
V 90. letech dochází k přeměnám pohledu na systém studia a uplatnění absolventů. Vědecké poznatky vzešlé z grantových úkolů se postupně aplikují do praxe a akcentuje se činnost praxeologická a axiologická. Také se postupně řeší společenské standardy učitelského vzdělávání na přelomu tisíciletí. Katedra hudební výchovy obnovuje dříve zavedené studentské soutěže v hudební interpretaci a usiluje o větší propojení odborné a pedagogické přípravy studentů. Rovněž vědecká činnost zaznamenává vzestupnou tendenci, především vzhledem k možnostem v mezinárodním prostoru a také díky většímu zapojení členů katedry do badatelské práce. Dochází k většímu semknutí kateder, uměleckých škol a institucí podobného zaměření. Na místo vedoucího katedry je v roce 1994 jmenován doc. Michal Košut a pracoviště je rozšířeno o další interní i externí pracovníky. Po Michalu Košutovi (od 1999 profesor) zastávali post vedoucího katedry ještě doc. PhDr. Bedřich Crha, CSc., a doc. Mgr. Vladimír Richter.
Začátek nového tisíciletí byl provázen především technizací a modernizací studia, od zavedení Informačního systému Masarykovy univerzity až po vybavování kateder. Katedra hudební výchovy navazovala na tradici hudebního vzdělávání a nadále akcentovala především potřeby uměleckého a pedagogického profilu absolventa, a to na základě společenských tendencí. Ty jsou dodnes permanentně hodnoceny v rámci výzkumů katedry i jednotlivých členů, včetně doktorských studentů. Obecně se vědecké zaměření katedry v posledních desetiletích ubírá hlavně směrem hudebních preferencí a postojů k hudbě, lidové písně a folkloru ve vzdělávání, stejně jako nových přístupů k výuce hudební výchovy, jako jsou multimédia a moderní technické prostředky. V rámci národních tendencí v digitalizaci vzdělávání se katedra zapojila do celostátního projektu připravujícího metodické materiály a podklady pro využití moderních technologií ve výuce hudební výchovy na ZŠ a SŠ. I vybavení katedry je permanentně modernizováno a přizpůsobováno aktuálním požadavkům, nejen ve smyslu technologií, ale i nástrojové vybavenosti (nové klavíry a pianina, digitální piana, kytary, moderní didaktické pomůcky).
Od roku 2018 je Katedra hudební výchovy institucionálním členem EAS (European Association for Music in Schools). Ve stejném roce vystřídal prof. Michala Košuta, Ph.D., ve vedení katedry doc. PhDr. Marek Sedláček, Ph.D.
K roku 2020 na fakultě působí (pod patronátem Katedry hudební výchovy) celkem tři pěvecké sbory, Pěvecký sbor Masarykovy univerzity (sbormistr Jan Ocetek), Pěvecký sbor Pedagogické fakulty (sbormistři Markéta Musilová, dříve Ottová, a František Ostrý) a smíšený sbor MUNIvoices zaměřený na moderní populární a muzikálovou tvorbu (sbormistryně Adéla Jurčíková). Stále aktivní je i komorní orchestr Collegium musicum (dirigent a umělecký vedoucí Eduard Tomaštík) a fakultní cimbálový soubor MUNIcimbal (umělecký vedoucí Eduard Tomaštík).
(Zdroj: ČAPKA, František a Ivan NĚMEC. Půlstoletí Pedagogické fakulty Masarykovy Univerzity v Brně 1946-1996. Brno: Ando Publishing, 1996, s. 53-57. ISBN 80-860-4700-8.)